"영농조합, 등록서 안 내도 다른 요건 갖췄다면 법인세 면제"

영농조합법인이 농어업 경영체 등록확인서를 내지 않았더라도 조세특례제한법상 세제 혜택 대상에서 제외해서는 안 된다는 대법원 판단이 나왔습니다.

대법원 2부(주심 민유숙 대법관)는 A 영농조합법인이 이천세무서장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 취소 소송을 원고 패소로 판결한 2심을 깨고 사건을 수원고등법원에 돌려보냈습니다.

사료를 제조하는 A 영농조합법인은 2015, 2016년 사업연도 법인세를 신고하면서 법인세 면제를 신청했습니다.

조세특례제한법에 따라 영농조합법인은 식량작물 재배업 소득에 부과되는 법인세를 면제받을 수 있습니다.

단, 농어업 경영체 육성법상 농업경영체로 등록돼 있어야 합니다.

조세특례제한법 시행령은 이 과정에서 영농조합법인이 관련 서류를 관할 세무서에 제출해야 한다고 정하고 있습니다.

이천세무서는 A 영농조합법인의 농업경영체 등록확인서가 제출되지 않은 것을 확인하고 2018년 3월 가산세를 포함해 약 3억 6천만 원의 법인세를 부과했습니다.

A 영농조합법인은 조세 심판을 청구했으나 기각됐고 취소 소송에서도 1·2심 모두 패소했습니다.

하지만, 대법원은 판단은 달랐습니다.

조세특례제한법상 면제 요건은 '농어업경영체법에 따른 영농조합법인'으로만 돼 있고, '등록확인서 제출'은 시행령상 규정에 불과하다는 데 주목해 대법원은 "시행령 규정은 납세의무자에게 면제 신청에 필요한 서류를 관할 세무서에 제출하도록 협력의무를 부과한 것"이라며 "등록확인서를 제출하지 않았다고 해서 법인세 면제를 거부할 수는 없다"고 판단했습니다.

(사진=연합뉴스)
한소희 기자(han@sbs.co.kr)

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