[2019 세법개정안]지주사 전환하라더니···稅혜택 없앤다

'지배 투명성 제고' 2022년 폐지

공익법인 의무지출제도도 강화

정부가 회사를 쪼개(인적분할) 지주사로 전환하는 방식에 주던 세제 혜택을 없애기로 했다. 기업 지배구조 투명성을 위해 지주사 전환을 적극 장려하던 데서 정책 기조를 뒤바꾼 것이다. 삼성·현대차그룹의 지주사 전환이 어려워질 수 있다는 분석이 나온다. 총수 일가가 계열사를 지배하는 수단으로 편법 활용된다는 지적이 끊이지 않았던 공익법인에 대해서는 관리를 강화하기로 했다.

기획재정부는 25일 발표한 ‘2019년 세법개정안’에서 지배주주가 주식을 현물 출자하고 새 주식을 배정받을 때 발생하는 양도차익에 대한 과세를 사실상 무기한 연기해주던 혜택을 오는 2022년부터 없애기로 했다. 통상 기업들은 총수 일가가 보유한 회사를 인적분할해 사업회사와 지주회사로 나눈 후 사업회사 주식을 지주회사에 현물 출자하고 지주회사로부터는 새 주식을 배정받는 방식으로 지주사 전환을 했다. 이 과정에서 발생하는 양도차익에 대해서는 지주사 지분을 처분할 때까지 과세를 미뤄줬다. 이런 혜택 턱에 주요 기업들도 지주사 전환을 추진했다. 국내 최초로 지주사 체계를 갖춘 LG를 비롯해 GS·CJ·현대중공업 등이 이 방식으로 지주사로 전환했다.

하지만 기재부는 “지배주주에 대한 과세특례 혜택이 과도하다는 지적이 있었다”며 양도세를 4년 거치, 3년 분할 납부 방식으로 과세하기로 했다. 지난해 세법개정 때 과세특례 일몰을 2021년까지 3년 연장한 지 1년 만에 아예 폐지로 가닥을 잡은 것이다. 기업 지배구조 담당 변호사는 “2022년 이후에는 인적분할 방식을 통한 지주사 전환이 어렵게 됐다”고 말했다.

공익법인에 대한 관리도 대폭 강화된다. 성실공익법인에만 적용되던 의무지출제도(수익용 자산의 1~3%를 공익사업에 지출)를 자산 5억원 이상이거나 수입금액 3억원 이상인 공익법인 모두에 적용하기로 했다. 다만 의무지출 비율은 1%로 했다. 이를 어기면 덜 지출한 금액의 10%를 가산세로 부과한다. 공시의무도 강화된다. 현재 자산 5억원 또는 수입금액 3억원 이상 공익법인에 대해서는 외부공시 의무가 주어지지만 이 같은 의무를 모든 공익법인으로 확대하기로 했다. 다만 영세한 공익법인에 대해서는 준비 기간 등을 고려해 2023년까지는 가산세를 부과하지 않기로 했다.

영리법인에 적용되는 주기적 감사인 지정제도를 공익법인에도 적용한다. 자산 1,000억원 이상 또는 공시 대상 기업집단 소속인 외부감사 대상 공익법인은 일정 기간 감사인을 자유 선임한 후 한동안은 국세청장이 지정하는 감사인을 선임해야 한다. 예를 들어 6년간은 자유 선임하고 3년은 국세청장 지정 감사인을 선임하는 식이다. 이 역시 준비기간을 고려해 적용 시기를 2년 유예하기로 했다. 기재부 관계자는 “감사인 지정제도 도입으로 인한 감사수수료 부담을 최소화하기 위해 일정 규모 이상의 공익법인에 제도를 우선 적용하고 감사수수료 증액 한도 설정 등 세부 규정을 마련할 계획”이라고 말했다.
/세종=한재영기자 jyhan@sedaily.com

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